相場の変動やご利用のロボット、接続先のロスカット仕様など、多くの不確定要素によって変わりますので一概には言えませんが、全資産に対して大半の証拠金を使ってしまうと接続先による強制ロスカットにかかってしまう可能性が高まります。
一方で証拠金を少なく利用していることが機会損失になってしまうケースもありますので、ご自身の運用ポリシーなどを鑑みご判断ください。
ロボットを選定するとAIが適切と判断した数値が自動的に適用されますので、そちらも参考にしていただければと思います。